Το Μουσείο Μακεδονικού Αγώνα βρίσκεται στο κέντρο της Θεσσαλονίκης, στην οδό Προξένου Κορομηλά, δίπλα στη Μητρόπολη. Στεγάζεται σε ένα νεοκλασικό κτήριο, σχεδιασμένο από τον Ερνστ Τσίλλερ. Στους χώρους του στεγάζεται επίσης το Κέντρο Έρευνας Μακεδονικής Ιστορίας και Τεκμηρίωσης (ΚΕΜΙΤ).
Στις έξι αίθουσες του ισογείου προβάλλονται παραστατικά οι κυριότερες φάσεις της ιστορίας της Μακεδονίας του 19ου και των αρχών του 20ου αι. και οι κοινωνικές, οικονομικές, πολιτικές και στρατιωτικές εξελίξεις που επηρέασαν αποφασιστικά το μέλλον του Ελληνισμού της περιοχής.
Μέσα στο πλαίσιο αυτό μπορεί να κατανοηθεί ευκολότερα ο μη συμβατικός χαρακτήρας το μακεδονικού Αγώνα. Οι όψεις του αγώνα αναδεικνύονται σε θεματικές ενότητες αφιερωμένες στους επώνυμους και ανώνυμους Μακεδονομάχους, στον κλήρο, στο ελληνικό προξενείο Θεσσαλονίκης, στην εμβληματική φυσιογνωμία του Παύλου Μελά κ.ά. Ακολουθεί η συνοπτική παρουσίαση του κινήματος των Νεοτούρκων και των Βαλκανικών Πολέμων.
Στο υπόγειο εκτίθενται διοράματα που προβάλλουν με ζωντάνια αντιπροσωπευτικά "στιγμιότυπα" του Μακεδονικού Αγώνα.
Ο Ελευθέριος Βενιζέλος ήταν ο πρώτος που αποφάσισε, το 1917 να ιδρυθεί μουσείο για τους ήρωες της Μακεδονίας αλλά και τον πολιτισμό της Μακεδονίας.
Σκοπός του μουσείου ήταν να συγκεντρωθούν "...όλα τα άξια λόγου αρχαιολογικά ευρήματα, τα σημειούντα τους διαφόρους ιστορικούς και καλλιτεχνικούς σταθμούς δι' ων διήλθεν η Μακεδονία, από των αρχαιοτάτων χρόνων μέχρι των χρόνων της Τουρκοκρατίας, συμπεριλαμβανομένων". Η προσπάθεια όμως αυτή δεν απέδωσε καρπούς και το 1965 το θέμα επανέφερε η κυβέρνηση του Στέφανου Στεφανόπουλου. Με βάση το σχετικό διάταγμα το μουσείο θα στεγαζόταν στο κτήριο όπου λειτουργούσε το Γενικό Προξενείο της Ελλάδας στη Θεσσαλονίκη από το 1894 μέχρι και το 1912, που σχεδίασε ο Ερνέστος Τσίλλερ. Εκεί βρισκόταν το επιτελικό κέντρο του Μακεδονικού Αγώνα.
Τελικά, μόλις το 1979 ιδρύθηκε στη συμπρωτεύουσα το Σωματείο "Οι φίλοι του Μουσείου Μακεδονικού Αγώνα" (ΝΠΙΔ), το οποίο και υπήρξε ο αρχικός φορέας του μουσείου, που εγκαινιάστηκε το 1982 από τον τότε Πρόεδρο της Δημοκρατίας της Ελλάδας, Κωνσταντίνο Καραμανλή. Το 1999 συστάθηκε από το σωματείο "Οι Φίλοι του Μουσείου του Μακεδονικού Αγώνα" το κοινωφελές Ίδρυμα Μουσείου Μακεδονικού Αγώνα, στο οποίο έκτοτε περιήλθε η ευθύνη του μουσείου και του ερευνητικού του κέντρου (ΚΕΜΙΤ).
Το Κέντρο Έρευνας Μακεδονικής Ιστορίας και Τεκμηρίωσης, το οποίο εποπτεύεται από Επιστημονική Επιτροπή, αποτελεί οργανικό μέρος του Ιδρύματος. Σκοπό έχει την επιστημονική μελέτη και τεκμηρίωση της νεότερης και σύγχρονης ιστορίας της Μακεδονίας. Το ΚΕΜΙΤ διαθέτει πλούσιες αρχειακές συλλογές εγγράφων, φωτοθήκη, εξειδικευμένη βιβλιοθήκη και ηλεκτρονικές βάσεις δεδομένων. Συγκεντρώνει και επεξεργάζεται αρχειακό υλικό, εκδίδει επιστημονικές μελέτες και οργανώνει επιστημονικές ημερίδες και συνέδρια.